Kromě uměleckých aktivit se František Novotný intenzivně věnuje rovněž pedagogické činnosti.
Pro své mimořádné schopnosti, odborné znalosti a zcela individuální přístup ke každému studentovi patří k nejvyhledávanějším pedagogům.
Vyučuje na Hudební fakultě Janáčkovy akademie múzických umění v Brně (od roku 1990) a také na Vysoké škole múzických umění v Bratislavě (od roku 2009).
V roce 2009 mu byl prezidentem ČR udělen vysokoškolský titul profesora.
Po dobu své pedagogické dráhy dosud připravil 77 studentů k bakalářským a magisterským absolventským projektům.
Působí také jako školitel doktorského studia.
Věnuje se rovněž stážistům ze zahraničí.
Mezi jeho studenty a absolventy patří řada nositelů laureátských titulů a dalších ocenění z národních a mezinárodních soutěží.
Absolventi z jeho třídy se těší stoprocentní zaměstnanosti. Své uplatnění nacházejí v předních filharmoniích, symfonických orchestrech či komorních souborech (často na funkčních místech) u nás i v zahraničí. Někteří z nich se věnují pedagogické činnosti.
V období 1992 – 2001 vedl výuku Metodického centra na JAMU.
V rámci grantových projektů EU spolupracuje rovněž s učiteli základního a středního stupně uměleckých škol, je zván k metodickým seminářům, přednáškám a individuálním odborným školením.
Vedení interpretačních kurzů v ČR a v zahraničí (dosud s více než tisíci aktivními účastníky)
- Mezinárodní mistrovské interpretační kurzy HF JAMU
www.masterclass.jamu.cz - Výuka v rámci Metodického centra HF JAMU
- Interpretační kurzy v Bechyni
- kurzy pro studenty Institutu pro umělecká studia Ostravské univerzity
- master-classes v USA – Saratoga Springs, Cleveland, Albany
- master-classes v USA – univerzity ve státech Illinois, Wisconsin a Minnesota
- master-classes v Arménii – Armenian National Philharmonic Orchestra Yerevan
- master-classes ve Francii – Musicalta Academy Rouffach
- master-classes v Polsku – Paderewského akademie Poznaň
- master-classes v Polsku – Lipiňského akademie Wroclaw
- master-classes v Japonsku – Ósaka, Kóbe, Tokio
- metodické kurzy pro učitele všech stupňů uměleckého školství v rámci projektů EU
Koncertní příležitosti pro mladé talenty
Spolu se zakladatelem ing. Josefem Menšíkem zajišťuje František Novotný dramaturgii každoročního letního festivalu Henckeovy barokní varhany ve Valticích.
Kromě renomovaných umělců dostávají na těchto valtických podvečerech vždy příležitost také mladí mimořádně talentovaní hudebníci, pro které je možnost vystupovat v reprezentativní koncertní řadě inspirativní motivací a cennou zkušeností.
Poroty houslových soutěží
Předsednictví a členství v porotách – mezinárodní soutěže, výběr
- Mezinárodní soutěž Janiny Garsci, Stalowa Wola, Polsko
- Rozhlasová soutěž České republiky Concertino Praga
- Mezinárodní Kocianova houslová soutěž, Ústí nad Orlicí
- Mezinárodní houslová soutěž G. Ph. Telemanna, Poznaň
- stálý člen přípravné komise Pražského jara (pro obor housle)
- Mezinárodní interpretační soutěž Beethovenův Hradec, Hradec nad Moravicí
- Mezinárodní soutěž Leoše Janáčka, Brno
- Mezinárodní soutěž Pražské jaro
- Mezinárodní houslová soutěž Balys Dvarionas Competition, Vilnius, Litva
- Mezinárodní soutěž Ernst – Szymanowski Wroclaw
- Carl Flesch Violin Competition, Maďarsko
- Mezinárodní houslová soutěž Jenö Hubaye, Miskolc, Maďarsko
Předsednictví a členství v porotách – národní soutěže, výběr
- Soutěž Yamaha, HF JAMU
- Talent roku, Praha
- Ústřední kolo Národní soutěže ZUŠ ČR – housle, Liberec
- Ústřední kolo Národní soutěže ZUŠ ČR – komorní hra, Jindřichův Hradec
- Soutěž konzervatoří České republiky, Teplice
- Soutěž konzervatoří Slovenské republiky, Banská Bystrica
- Soutěž Bohuslava Martinů, AMU Praha